As chamadas do WhatsApp podem ser rastreadas e registradas em um CRM?

Sim — as chamadas do WhatsApp podem ser rastreadas e registradas em um CRM, mas isso exige o uso de um aplicativo de terceiros. Os CRMs não conseguem fazer isso nativamente.

Por que os CRMs não conseguem rastrear chamadas do WhatsApp automaticamente

O WhatsApp utiliza criptografia de ponta a ponta, portanto o áudio e os metadados das chamadas não ficam acessíveis por API;
Os sistemas operacionais móveis, especialmente o iOS, restringem o acesso aos dados das chamadas;
O WhatsApp não disponibiliza a atividade de chamadas por meio de APIs públicas.

Como as empresas registram chamadas do WhatsApp

Aplicativos de rastreamento de chamadas móveis, como o Salestrail, capturam os metadados das chamadas do WhatsApp no dispositivo — como contato, data, duração e responsável pela chamada — e sincronizam essas informações com o CRM;
Os representantes de vendas podem fazer o registro manual após cada chamada;
Também podem ser utilizados fluxos personalizados via API, principalmente para mensagens do WhatsApp Business, e não para chamadas.

Com o Salestrail no Android, as chamadas do WhatsApp e WhatsApp Business são registradas automaticamente juntamente com as chamadas SIM e sincronizadas com sistemas CRM como:

Salesforce
HubSpot
LeadSquared
Zoho
Microsoft Dynamics